Isaac'ın Bağlanması, oyuncu Isaac'in bodrumunda bulunan zindanları keşfederken Isaac veya diğer altı kilitlenebilir karakterden birini kontrol ettiği yukarıdan aşağıya bir 2D zindan paletli oyunudur.Oyunun mekaniği ve sunumu Zelda Efsanesi'nin zindanlarına benzer, rastgele, prosedürel olarak oluşturulmuş seviyeleri içeriyor.Bodrum zindanının her katında, oyuncu bir sonraki odaya devam etmeden önce bir odadaki canavarlarla savaşmalıdır.Yol boyunca, oyuncu esnaftan ekipman satın almak için para, özel hazine odalarının kilidini açmak için anahtarlar ve düşmanlara karşı şanslarını güçlendirmek için yeni silahlar ve güçlendirmeler toplayabilir.Zindanın her katı, bir sonraki seviyeye geçmeden önce oyuncunun yenmesi gereken bir patron içerir.Sekiz katın altıncısında oyuncu İshak'ın annesiyle savaşır;Onu yendikten sonra Isaac rahmine girer.Daha sonraki seviyeler, sekizinci kattaki Isaac'in annesinin kalbine karşı bir mücadeleyle sonuçlanarak önemli ölçüde daha zor.İsteğe bağlı bir dokuzuncu kat olan Sheol, patron Şeytan'ı içerir.