BioBlender, açık kaynaklı 3D modelleme yazılımı üzerine kurulmuş bir yazılım paketidir.Biyoloji nano ölçekte çalışır, insan gözüyle görülemeyen nesnelerle.BioBlender ile, bilimsel verilere ve en yüksek 3D manipülasyon standardına dayanarak hücrelerimizi dolduran karakterlerden bazılarını göstermek mümkündür.Dünyanın dört bir yanındaki bilim adamları, proteinleri atom düzeyinde inceliyor ve her bir molekülün atomlarının ve 3D koordinatlarının listesi olarak tanımlandığı halka açık Protein Veri Bankası'na bilgi veriyorlar. BioBlender kullanıcıları 3D alanındaki proteinleri işleyebilirler., yüzeylerini fotogerçekçi bir şekilde sergiliyor ve bilinen hareketlere dayanarak ayrıntılı protein hareketleri gösteriyor.PDB dosyaları kullanıcı tanımlı bir dizinden yüklenebilir veya doğrudan PDB sitesinden indirilebilir (PDB kodu eklenerek).Protein 3D olarak (atomlar veya moleküler yüzey olarak) görüntülenir ve kullanıcı, yüzey özelliklerini, Moleküler Lipofilik Potansiyeli ve Elektrostatik Potansiyeli hesaplayabilir ve görselleştirebilir.Protein hareketi için BioBlender, Blender Game Engine kullanarak iki konformasyon arasındaki ara maddeleri hesaplar.Program çıktı olarak hem ara PDB dosyalarını hem de işlenen görüntüleri bir film olarak verir.BioBlender, açık kaynaklı, serbestçe dağıtılmış, çok platformlu, birlikte çalışabilir ve desteklenen 3B animasyon, görsel efektler ve video oyunları programı olan Blender'ın bir uygulamasıdır.3D bilgisayar grafikleri, oyun motoru ve bilimsel programların birleşimi, BioBlender'ı proteinlerin hareketini detaylandırmak ve yüzey özelliklerini tekstüre ve partikül özel efektlerine dayanan görsel bir kod kullanarak görüntülemek için eksiksiz bir araç haline getiriyor.Bu şekilde hareket halindeki bir molekülün fiziksel ve kimyasal özelliklerini göstermek mümkündür.BioBlender, Pisa'daki (İtalya) CNR'deki SciVis grubu tarafından, farklı disiplinlerden (biyoloji, kimya, fizik, bilgisayar bilimleri) bilim adamları arasında bir işbirliğinin sonucudur.