Ninja Markası gizli odaklı 2B platformlardan oluşur.Karakter, gardiyanların gözünden uzak durup sessiz yayılma gerçekleştirirken bir dizi ortama gizlice girmelidir.Seviyeler ışık ve karanlık alanlarına ayrılır;oyuncu karakteri ikincisindeyken görünmezdir.Koşmak gibi sesler oyuncu karakterinin konumunu da verebilir ve hızla genişleyen bir daire ile görsel olarak temsil edilir.Bir platformcu için olağandışı olan Mark of the Ninja, bir görüş mekaniği kullanır, yani karakter için görünmez olan düşmanların da oyuncu için görünmez olduğu halde, sesleri ekranda oyuncu karakteriyle aynı şekilde temsil edilir... Tespit edilmeyen düşmanlara yaklaşarak, oyuncu karakteri tek vuruşla öldürme gerçekleştirebilir.Bunu kolaylaştırmak için oyuncu ışık kaynaklarını söndürebilir, nesnelerin arkasına saklanabilir ve düşmanlara erişilemeyen dar ızgaralardan ve şaftlardan geçebilir.Tespit edilirse, düşmanlarından kaçmalı ve belirli bir süre boyunca gözden uzak kalmalıdırlar, bundan sonra düşmanlar orijinal konumlarına geri dönecek ve tek vuruşlu infazlar bir kez daha mümkün olacaktır.Düşmanlar çevrelerine ve birbirlerine tepki verirler;oyuncu karakterini tespit eder veya bir ceset bulurlarsa bölgedeki tüm düşmanları uyaracaklar.Bir ses duyarlarsa veya oyuncu karakterine bir göz atarlarsa, şüphelenirler, başlarının üstünde bir soru işareti görüntüler ve oyuncu karakterini aktif olarak ararlar.Konu: Oyunun hikayesi, ninja üssünde silahlı kuvvetin saldırısıyla başlar.Bir dövme aldıktan sonra verilen isimsiz ana karakter, Ora adlı bir kadın ninja tarafından uyandırılır.Ekipmanlarını toplayan ninja, askerleri yenebilir ve efendisi Azai'yi diğer arkadaşlarının yanında kurtarabilir.Azai, dövmesinin gücünü ve çevresindeki efsaneyi anlatıyor ve mürekkebin özel beceriler veren özel bir çöl çiçeğinden nasıl geldiğini açıklıyor, ancak bir maliyetle ...