MSYS, geleneksel UNIX araçlarına dayanan uygulamaların ve programların oluşturulmasına izin vermek için bash, make, gawk ve grep gibi bir GNU yardımcı programı koleksiyonudur.MinGW'yi ve cmd kabuğunun eksikliklerini desteklemek için tasarlanmıştır.Bir örnek, autotools derleme sistemini kullanan bir kütüphane oluşturmak olabilir.Kullanıcılar genellikle "./configure" ve ardından "make" i çalıştırır.Yapılandırma kabuk komut dosyası, Windows sistemlerinde bulunmayan ancak MSYS tarafından sağlanan bir kabuk komut dosyası yorumlayıcısı gerektirir.