VMD, kullanılabilir belleğin sınırlarına kadar çok büyük yapılarla çalışabilir.VMD'nin 64 bit sürümleri, büyük boyutlu ve uzun süreli simülasyon yörüngelerinin fiziksel belleğe yüklenmesini ve büyük hacimsel veri kümelerini barındırmasını sağlar.Nature'ın 30 Mayıs 2013 sayısında açıklanan 64 milyon atom HIV kapsid simülasyonu, uygun şekilde donatılmış bir grafik iş istasyonunda VMD ile neler yapılabileceğinin birinci sınıf bir örneğidir.HIV-1 modeli, yapı oluşturma araçları kullanılarak simülasyon için hazırlandı ve daha sonra yörünge analizi için VMD'nin komut dosyası özellikleri kullanıldı.Nature kapağında gösterilen HIV-1 kapsidinin tüm atom yapısı, dahili Takyon ışını izleme motoru kullanılarak VMD içinde oluşturuldu ve daha sonra viral zarfın ve Nature kapak metninin sanatsal bir temsiliyle birleştirildi....